根据菏政办发[2002]11号规定，菏泽市水利局主要有以下职责。

　　（一）贯彻执行国家和省有关水利工作的方针政策和法律法规规章，拟订全市水利发展战略和中长期规划、年度计划，研究拟订全市水利工作的政策规定和管理办法并组织实施。

　　（二）统一管理全市水资源（空中水、地表水、地下水）；组织拟订全市及跨县区的水长期供求计划、水量分配方案并监督实施；会同有关部门组织有关国民经济总体规划、城市规划及重点建设项目的水资源和防洪的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布全市水资源、水质监测公报。

　　（三）会同有关部门拟定节约用水政策办法和措施，并负责组织实施，编制节约用水规划，制定有关标准，组织指导和监督节约用水工作。

　　（四）按照国家和省资源环境与保护的有关法律法规和标准，拟订全市水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测地表水和地下水的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见；向河流、水库、渠道等水利工程排污、新建和扩建排污口应事先征得水行政主管部门的同意。

　　（五）组织实施水政监察和水行政执法；协调各县区间的水事纠纷；受市政府委托代理市际间的水事纠纷的协调处理。

　　（六）拟定水利行业的经济调节措施；会同有关部门对水利资金的使用进行宏观调节；指导水利行业的供水及多种经营工作；指导水库库区移民扶贫工作；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。

　　（七）编制、审查市内大中型水利基本建设项目建议书和可行性研究报告；组织实施水利科学研究和技术推广；组织实施水利行业技术质量标准，监督实施水利工程的规程、规范；会同有关部门负责水利工程招标投标活动的行政监督。

　　 （八）组织指导水利设施、水域、河道及其岸线的管理与保护；负责主要河道、水库的治理和开发；组织建设和管理具有控制性或跨县区的重要水利工程；组织指导水库大坝的安全监管。

　　（九）指导农村水利工作；组织指导农田水利基本建设、人畜饮水、节水灌溉和乡镇供水工作。

　　（十）会同有关部门负责水利方面的科技和外事工作；指导全市水利队伍建设。

　　（十一）主管全市水费、水资源费、河道工程维护管理费、河道采砂管理费、水土保持补偿费、水土流失防治费的征收工作。

　　（十二）组织指导全市水土保持工作；研究拟定水土保持区划、规划并监督实施，组织水土流失的监测和综合防治。

　　（十三）承担市防汛抗旱指挥部的日常工作，组织协调和监督指导全市防汛抗旱工作，对较大河流、水库和重要水利工程实施防汛抗旱调度。

　　（十四）负责城市客水水源建设等水利工作。

　　（十五）承办市委、市政府交办的其他事项。